Sau khi hoàn tất việc chạy thử máy tại hồ Michigan, Kete khởi hành từ Manitowoc vào ngày 20 tháng 8, 1944, di chuyển dọc theo sông Mississippi và ngang qua New Orleans, Louisiana, đi đến vùng kênh đào Panama vào ngày 5 tháng 9. Tại đây nó tiếp tục huấn luyện cùng Hải đội Tàu ngầm 3 cho đến ngày 28 tháng 9, khi nó lên đường để đi sang khu vực Thái Bình Dương. Chiếc tàu ngầm đi đến Trân Châu Cảng vào ngày 15 tháng 10.[2]

Chuyến tuần tra thứ nhất

Lên đường vào ngày 31 tháng 10 cho chuyến tuần tra đầu tiên trong chiến tranh, Kete đi đến đảo Midway vào ngày 4 tháng 11 để tiếp thêm nhiên liệu, và cùng với tàu ngầm Sea Lion (SS-315) đi đến khu vực tuần tra tại biển Hoa Đông vào ngày 15 tháng 11. Hoàn cảnh thời tiết xấu cùng với việc cánh lái mũi gặp trục trặc buộc nó phải lên đường vào ngày 19 tháng 11, quay trở về Saipan để sửa chữa và đến nơi vào ngày 24 tháng 11. Nó lại cùng tàu ngầm Kraken (SS-370) rời Saipan vào ngày 24 tháng 12, đi đến khu vực tuần tra ở phía Bắc Okinawa bốn ngày sau đó. Bất chấp thời tiết xấu, nó đảm nhiệm vai trò tìm kiếm và giải cứu những phi công Hoa Kỳ bị bắn rơi ngoài khơi quần đảo Ryūkyū từ ngày 1 đến ngày 27 tháng 1, 1945. Nó kết thúc chuyến tuần tra khi đi đến căn cứ Guam vào ngày 30 tháng 1.[2]

Chuyến tuần tra thứ hai

Dưới quyền chỉ huy của hạm trưởng mới, Thiếu tá Hải quân Edward Ackerman, Kete rời Guam vào ngày 1 tháng 3 cho chuyến tuần tra thứ hai chung quanh quần đảo Ryūkyū. Nó đảm nhiệm vai trò tìm kiếm và giải cứu cũng như trinh sát thời tiết chuẩn bị cho Chiến dịch Iceberg chằm chiếm đóng Okinawa sắp diễn ra.[2]

Đang khi tuần tra về phía Tây Tokara Retto trong đêm 9-10 tháng 3, Kete đã bất ngờ tấn công một đoàn tàu vận tải được hộ tống về phía Bắc Amami Oshima. Lúc 04 giờ 45 phút, nó phóng ngư lôi đánh chìm tàu chở quân lục quân Sanka Maru (2.495 tấn) tại tọa độ 29°25′B 128°15′Đ / 29,417°B 128,25°Đ / 29.417; 128.250, khiến 51 thành viên thủy thủ đoàn và 605 binh lính lục quân tử trận. Đến 07 giờ 05 phút, nó đánh chìm tàu chở hàng lục quân Dokan Maru (2.270 tấn) tại tọa độ 29°48′B 128°02′Đ / 29,8°B 128,033°Đ / 29.800; 128.033, khiến 27 thành viên thủy thủ đoàn, 23 pháo thủ cùng 4 hành khách tử trận. Chỉ năm phút sau đó nó tiếp tục đánh chìm tàu chở quân Keizan Maru (2.116 tấn) tại tọa độ 29°25′B 127°30′Đ / 29,417°B 127,5°Đ / 29.417; 127.500, khiến 43 thành viên thủy thủ đoàn và 64 binh lính lục quân tử trận.[16] Trong đêm 14 tháng 3, nó lại tấn công một tàu rải cáp.[2]

Chỉ với ba quả ngư lôi còn lại, Kete được lệnh rời khu vực tuần tra vào ngày 20 tháng 3 để tiếp nhiên liệu tại Midway và rút lui về Trân Châu Cảng để tái trang bị. Nó xác nhận lại mệnh lệnh vào ngày 19 tháng 3, và trên đường đi về phía Đông vào ngày hôm sau nó đã gửi một báo cáo thời tiết từ một vị trí về phía Nam eo biển Colnett. Sau đó con tàu hoàn toàn mất tích, và đã không có mặt tại Midway như được ấn định vào ngày 31 tháng 3. Kete được chính thức công bố bị mất vào ngày 16 tháng 4; lý do bị mất tích cho nay vẫn còn là một bí ẩn cho dù một số giả thuyết đã được đưa ra.[2][1][15]